龟解剖图

 
爬行动物的骨骼系统大多由硬骨构成，骨骼的骨化程度高，很少保留软骨部分。骨骼也分化成中轴骨（包括脊椎、胸骨、肋骨和头骨）与四肢骨，但龟鳖的背椎髓棘与背甲的髓板愈合，肋骨与肋板愈合。鳖的颈椎与背甲粘连，但不愈合。此外，龟鳖都无胸骨；其腹甲骨板是与胸骨同源，上腹骨板相当于锁骨；内腹板相当于上胸骨，其后的中、下及剑腹板相当于上腹膜肋骨。龟鳖头骨类同一般爬行动物，龟的头骨与鳖相比较短、阔。上枕棘较短，鳞骨不向后长成棘。肩带骨与腰带骨都包藏在龟甲壳内。肩带骨是由前侧扁棒形的肩胛骨和后侧扁阔的乌喙骨组成。肩胛骨的肩峰突与乌喙骨后侧会合，构成肩臼，接肱骨；肩带有韧带与背甲和腹甲相连结，以协助呼吸。桡骨、尺骨较粗扁，接上10枚腕骨，排成两行，构成腕关节；后接着5枚掌骨及五个指的指骨。 腰带由髂骨、耻骨和坐骨合成，并构成髋臼，与股骨关接。耻骨与坐骨各向内侧扁平铺开（耻骨铺展更大），并左右合成骨盆。龟骨盆中线处以软骨片相连，构成左右两个耻坐骨孔。股骨从髂臼向外平展，连接胫骨与腓骨；跗骨5~7枚，排成两列，组成跗间关节；五趾型，则跖趾骨五出形。
 

龟鳖类的消化系统由消化道与消化腺两大部分组成。消化道可分成口、口腔、食道、胃、十二指肠、小肠、大肠、直肠、肛门。大多数爬行动物的上下颌上都有锐利的牙齿，但龟鳖类口裂的上下颌无牙齿，仅角质鞘被覆，近似鸟喙。口颌内缘角质鞘增厚，而在切缘处当锐利。口腔底部有阔而短的肉质舌，但不能伸缩。在舌的表面有角质状的突起，具有阻留食物及感触功能。口腔内的唾液腺，只有湿润食物的作用，无消化食物的功能。龟鳖食道较长，内壁上皮也有角质状乳突，乳突尖端向着食道下端，具有阻抑食物逆转返回口腔功能。食物下端衔接胃，位于体腔前左内侧而向右伸。胃内壁亦有角质乳突，胃的幽门括约肌相当发达，在幽门处缢缩明显；自幽门以后，依次接十二指肠、小肠、大肠和直肠。在小肠与大肠衔接处有1对膨大的盲肠，草食性龟类的盲肠较发达，具有消化食物纤维的功能。在直肠的末端的为肛门，开口泄殖腔，龟的泄殖孔为星裂状。鳖为纵裂状。
龟的泄殖腔两侧各有一肛囊，常储积水液，若提龟离水面，肛囊内水就会排出，有从粪便中吸收水分的功能。黑褐色的肝脏是最大的消化腺，分左右两叶，右叶内有绿色胆囊，贮存胆汁，并胆导管通向十二指肠。呈乳黄色的胰腺，紧邻着十二指肠，位于肠胃之间的空隙处，由胰导管通向十二指肠。脾脏，靠在大肠的起点处，呈红色。

龟鳖的呼吸除了像两栖动物可借助口底运动进行口咽式呼吸外，同时还发展了羊膜动物共有的胸腹式呼吸。与其他爬行动物一样，呼吸系统比两栖纲动物分化得更完整，但没有以鳃呼吸时期。内鼻孔呈裂缝状，开口在腭顶的中部（口腔中段）。声门是靠近气管的入口处，在声门后面，尚有1对上皮粘膜褶襞，但不形成声带。如若气体冲击它，只能以出嘘声；紧接声门后面的1个小空窦，即是喉头；接着是约等于头颈长短的气管，当它进体腔以后，即分成为左右气管。气管与支气管都有软骨环支撑着，以保证气管畅通。当气管进入形似囊状的肺脏时，即分成7—10根以上的肺管，尔后，再分细支到达各部分，形成蜂窝状肺泡，使肺表面积增大，以增强气体交换能力。气管软骨环在食道邻接处中断，仅有结缔组织膜把它们联接起来，既便于吞咽食物，也不会妨碍肺的呼吸。
生活在水中的龟鳖，泄殖腔的尿道侧壁有1对肛囊，具有吸水与排水作用，可视为呼吸的辅助器官。又因龟鳖身被硬甲，背腹部则坚硬而结实，不能扩大缩小，其呼吸借颈部和四肢的伸缩与舌的活动来完成。由于舌的上升与下沉，变动口腔的容积，使口腔内空气吐出或吸入，类似蛙的呼吸，故称“咽气式的呼吸”，简称“龟吸”。口腔与咽头黏膜布满毛细血管，可以进入气体交换，作为辅助呼吸，因颈部和四肢的伸缩，即可影响骨甲硬壳内的腹腔大小，从而影响肺的扩大与缩小，是一种很特殊的呼吸方式。
龟鳖以颈和四肢的伸缩运动，先呼气，后吸气，进行特殊进行形式的呼吸。有学者应用现代先进的医疗诊断技术，对缅甸陆龟进行螺旋CT、磁共振成像（MRI）和磁共振血管造影（MRA）检查，发现龟背甲下方左右各有1个大气囊，腹甲上面的软组织有胸主血管和腹主血管。经过影像学研究和解剖对比分析，发现龟肺发育不良是咽气式龟吸的基础，不健全的龟肺决定了龟的新陈代谢必然缓慢。对龟的血液成份进行定性定量测定，发现龟的红细胞大而有核，缺少中性粒细胞和血小板，这是龟血的奇异现象。
龟鳖的心脏，在胚胎的初期是靠近在头部，随着后期发育，由于颈部延长，心脏的位置也往后移，颈部的动静脉也随着延长。成年个体的心脏虽远离头部，但仍包藏在围心腔里，心尖朝向体后。心脏由二心耳与一心室组成。左右心耳分隔的隔膜向下延伸成心室，并与耳室瓣相连，使上半个心室分成左右两半。心室的背面与腹面肌肉也分别发展，则将下半个心室也几乎分隔成两半，但都没有完全分格成两室。当心室收缩时，上下两半间隔才紧密连接一起，使血流分隔得比两栖纲动物更完善，右侧接受静脉血，左侧接受肺静脉进入左心耳动脉血（含富氧血）。静脉窦部分并入右心耳，右心耳比左心耳大。离开心脏的血流分别进入3对动脉弧而供应身体各部分；3对动脉弧分别为总颈动脉﹑体大动脉和肺动脉。其中肺动脉是由心室的右侧发出，延伸不远，即分左右肺动脉，其血液随着流入肺部进入气体交换，尔后，又把含有新鲜氧气的血液经左右肺静脉返回心脏。其次，体大动脉弧分别从心室左右两侧发出，从心室中间偏右出来的较小，并向对面左侧伸展成为左大动脉弧，流通的是混杂血液；绕过食道，转向后背，与右大动脉弧的后支相连接成为一条背大动脉；从心室左侧出来的右大动脉弧较大，含富氧血。右大动脉弧不仅包括体脉，且包含流向头胸部的动大动脉。右大动脉分出后行的为右体动脉弧；前行的成为头胸动脉，即岔左右无名动脉，并分颈总动动脉与锁骨动脉，依次分别把血液向头部及前肢各部位。而静脉系统中分别为肺静脉、前大静脉及后大静脉，使全身静脉血返回到心脏。
龟鳖排泄器官 位于体腔背部的后半段。脊椎左右两侧各有一个深褐色肾脏，肾的表面呈现许多沟纹。肾上腺贴附在肾的背侧。肾的前端的较阔，后端较狭。每肾有一条输尿管。从肾的后段内侧通出。开口于泄殖腔的尿道背壁；而尿道的附壁有一膀胱，是胚胎时期尿囊遗留部分转化而成的。在胚胎发育期间，尿囊是胚胎排泄的空腔；后肾发育成肾，之后，中肾即逐渐退化；但在雄性龟鳖体内，中肾与中肾管一起保留下来成为副睾输精管；在雌性体内，中肾退化为黄体或完全退化。后肾的输尿管是从中肾管的后背侧重新发生。尿道背壁的一对肛囊能吸
水与排水，且有辅助呼吸的作用。